Un certain nombre de compléments alimentaires sont constituées de protéines spécifiques à une utilisation bien précise. Ainsi, le lactosérum ou la caséine micellaire n'ont pas la même vitesse d'assimilation et seront donc utilisés de manières différentes par les athlètes. De même, des compléments protéinés sont élaborés pour les régimes amincissants ou hypocaloriques.
Une marque reconnue comme Optimum Nutrition insiste d'ailleurs souvent sur la nécessité de consommer différentes sources de protéines à différents moments de la journée pour favoriser une utilisation parfaite des protéines consommées. Ainsi, une protéine de caséine sera digérée plusieurs heures avant l'entraînement pour fournir au corps un maximum d'acides aminés sur une longue période alors que la whey sera plutôt prise après l'entraînement.
Dans le même esprit, les protéines d'œuf, de lait entier ou de soja répondent à une utilisation spécifique. Naturellement, le soja conviendra au végétarien, la protéine d'œuf étant riche en acides aminés soufrés, sera recommandée pour entretenir la force du système immunitaire.